Wiele wariantów Klebsiella pneumoniae produkujacych karbapenemaze u jednego pacjenta

Badanie wybuchów Enterobacteriaceae, które produkują karbapenemazy Klebsiella pneumoniae (KPC) jest utrudnione przez mobilność genu blaKPC, który jest przenoszony przez transpozon Tn4401, który przenosi gen lub przez plazmidy, które niosą transpozon, prowadząc do wewnątrzosobniczych lub międzyosobniczych nieklonalnych rozpowszechnianie.1,2 Poniżej przedstawiamy dziewięć organizmów od pojedynczego pacjenta, które zawierają blaKPC-3 (o wspólnej tożsamości nukleotydowej 100%). Analizy przeprowadzono w sposób opisany wcześniej. 3.4  82-letni mężczyzna z niewydolnością serca i przewlekłą obturacyjną chorobą płuc został przyjęty do tego samego szpitala 21 razy w latach 2011-2015, gdzie był najczęściej grupowany z innymi pacjentami skolonizowanymi lub zakażonymi Enterobacteriaceae produkującymi KPC (KPE). Pacjent otrzymał liczne kursy antybiotyków (beta-laktamy, wankomycyna, linezolid, chinolony, aminoglikozydy i tetracykliny) na zapalenie tkanki łÄ  …cznej, bakteriemię i aspiracyjne zapalenie płuc, z których żadna nie dotyczyła KPE.  Rycina 1. Rycina 1. <!–more–>Charakterystyka izolatów od pojedynczego pacjenta ContainingblaKPC-3. Zidentyfikowanymi gatunkami były Klebsiella pneumoniae (pokazana w kwadratach), Escherichia coli (kółka) i K. oxytoca (trójkąt). Kolory wskazują różne grupy niezgodności plazmidów: IncFII (k) (pokazane na żółto), IncN (czerwony) i IncP, L / M (niebieski). Stałe strzałki oznaczają zmiany w wariantach pojedynczego nukleotydu pomiędzy tym samym izolatem, a strzałki ze strzałkami oznaczają potencjalny transfer plazmidu. Wzory linii papilarnych są oznaczone przez pRFLP (który odnosi się do polimorfizmu długości fragmentów plazmidu). Wszystkie izolaty pobierano z wymazów z odbytu, o ile nie zaznaczono inaczej. SNV oznacza wariant pojedynczego nukleotydu, a Tn4401 jest transpozonem.  Zidentyfikowano czternaście izolatów KPE, a dziewięć było dostępnych do sekwencjonowa  nia: siedem wymazów z odbytu uzyskano dla celów nadzoru, jedna próbka moczu wykazała bezobjawowy bakteriurię, a jeden wymaz z rany wykazał kolonizację ran. Zidentyfikowano trzy gatunki (K. pneumoniae, K. oxytoca i Escherichia coli), w tym trzy różne typy sekwencji K. pneumoniae i trzy różne plazmidy grupy niekompatybilności (Inc) niosące Tn4401 (Figura 1). Trzy warianty Tn4401 zawierały blaKPC-3: Tn4401b-1 (numer dostępu w GenBank, KT378597) i Tn4401b-2 (numer dostępu w GenBank, KT378598), które różniły się wariantem pojedynczego nukleotydu, i Tn4401a-1 (numer dostępu w GenBank, KT378596). , który zawierał 100-bitową delecję. Warto zauważyć, że Tn4401b-1 i Tn4401b-2 mają pojedynczy wariant nukleotydowy, który nie występuje w ponad 60 innych wariantach Tn4401 w GenBank.  Sześć izolatów niosło Tn4401b-2 na plazmidzie IncN: cztery izolaty K. pneumoniae izolowano z dwóch typów ST (po dwa z każdego) i dwóch izolatów E. coli. Tn4401b-2 wykazał pot  encjał transferu plazmidów międzygatunkowych i międzygatunkowych: izolat C (K. pneumoniae ST252) do izolowania D (K. pneumoniae ST1846) i K. pneumoniae (izolaty C lub F) do E. coli (izolat G) . Chociaż jedyny izolat K. oxytoca (izolat E) nie mógł być połączony z innymi izolatami za pomocą transferu plazmidu, izolat E niósł Tn4401b-1, co sugeruje, że transpozon przemieszczał się z IncN do plazmidu IncP, L / M.  Pomimo wcześniejszych doniesień o licznych kolonizacjach lub infekcjach blaKPC u jednego pacjenta, 5 pokazujemy ewolucję i różnorodność KPE u pojedynczego pacjenta w ciągu kilku lat. Wiele izolatów u tego pacjenta mogło powstać w wyniku rozprzestrzeniania się elementu oporności w gospodarzu, od ekspozycji na innych skolonizowanych przez KPE pacjentów (ponieważ KPC-3 jest dominującą karbapenemazą w tym szpitalu) lub obu. Niniejszy raport ilustruje ograniczenia w prowadzeniu badań nad epidemiami karbapenemazy za pomocą tradycyjnych narzędzi e  pidemiologicznych i molekularnych. Sekwencjonowanie genomu jest konieczne do oceny całego mobilomu KPE.  Michael R. Mulvey, Ph.D.  National Microbiology Laboratory, Winnipeg, MB, Kanada  Louis-Patrick Haraoui, MD  Centrum Zdrowia Uniwersytetu McGill, Montreal, QC, Kanada  Yves Longtin, MD  Jewish General Hospital, Montreal, QC, Kanada  Wspierane przez Genomową Inicjatywę Badawczo-Rozwojową Rządu Kanady.  Formularze ujawnień dostarczone przez autorów są dostępne wraz z pełnym tekstem tego listu na stronie.  5 Referencje1. Munoz-Price LS, Poirel L, Bonomo RA, i in. Epidemiologia kliniczna globalnej ekspansji karbapenemaz Klebsiella pneumoniae. Lancet Infect Dis 2013; 13: 785-796  Crossref Web of Science Medline  2. Mathers AJ, Stoesser N, Sheppard AE i in. Klebsiella pneumoniae carbapenemase (KPC) – wytwarzanie K. pneumoniae w pojedynczej instytucji: wgląd w endemię z sekwencjonowania całego genomu Antimicrob Agents Chemother 2015; 59: 1656-1663  Crossref Web   of Science Medline  3. Haraoui LP, Lévesque S, Lefebvre B, i in. Wybuch poli [podobne: kardiologia kielce, stomatolog legnica, podolog ]
[więcej w: kardiolog ciechanów, allegro charytatywnie, leki od a do z ]